En el año 1.990, se promulgó una nueva Ley publicada en Gaceta Extraordinaria Nº 01 de fecha 20 de Marzo de 1.990 adaptándola al nuevo esquema jurídico – administrativo de los Estados, a raíz de la aprobación de la Ley Orgánica de Delimitación, Descentralización y Transferencia de Competencias del Poder Público, se hace necesario una reforma parcial que permita al Ejecutivo Estatal acelerar el proceso de Contratación de Obras y Adquisición de Bienes y Servicios y continua su funcionamiento con la misma estructura básica.

En el año 1.991, según Gaceta Extraordinaria Nº 20 de fecha 30 de Agosto, para dar cumplimiento a sus funciones la Contraloría tenía la siguiente estructura básica: Despacho del Contralor, bajo cuya dependencia y dirección estaban: Dirección General, Oficina de Consultoría Jurídica, Dirección de Administración, Dirección de Averiguaciones Administrativas, Departamento de Atención al Público, Departamento de Sistemas y Procedimientos y el Departamento de Archivo y Correspondencia; dependiendo de la Dirección General a cargo del Sub-Contralor estaba la Dirección de Control Previo, la Dirección de Control Posterior y la Dirección de Control de Gestión.

En el año 1.997, se modifica la Ley Orgánica de la Contraloría General del Estado Lara, según publicación en Gaceta Oficial Extraordinaria Nº 445 de fecha 8 de Agosto de 1.997, cuyo objetivo primordial es la transferencia del Control Previo a la Administración Activa la cual se hizo efectiva según Resolución Administrativa Nº 005 de fecha 05 de Enero de 2.001, publicada en Gaceta extraordinaria Nº 165 de fecha 09 de Enero de 2001 y conferimiento de la Potestad al Ciudadano Contralor del Estado Lara para elaborar y modificar su estructura organizativa.

Desde su fundación hasta la fecha han ocupado el cargo de Contralor las siguientes personalidades: Sr. Ignacio Rojas Meza, Dr. Torrellas Alvarado, Sr. Ramón Simancas, Sr. Vertilio López, Prof. Bernardo Prince, Dr. Ibraim García Añez, Dr. Alberto Perdomo, Dr. Jesús Abreu Anselmo, Dra. Elsy Gutiérrez, Sr. Luis Vilela, Lcdo. Orlando Hernández, Sr. Humberto Reina, Lcdo. Julio Magno Suárez, Dr. Jorge Carrillo Lugo, Dr. Rafael Antonio Montes de Oca, Econ. Manuel Monsalve, Sr. Nelson Mújica, Dr. Hilario García Masabé, Lcdo. Oscar Dorante Camacaro, Lcdo. Nelson Rojas,Lcdo. Juan José Román, Dr. Macario González, Dr. Mario Meléndez, Ing. Miguel Díaz Castañeda, Lcdo. Freddy Rojas, Dr. Iván Andrade, Ing. Omar Alvarado, Lcdo. Oswaldo Rodríguez, Dr. Enuman Suárez, Dr. Oscar Fernando Bracamonte, Dr. Elías Gerardo Saldivia, el Dr. Juan Pablo Soteldo Azparren, la Lcda. Alix Teresa Bonilla Montilla, la Lcda. Rosa C. Colmenárez y actualmente la Abg. Ana luisa Gómez Zambrano.

Cabe destacar la actuación de algunos Contralores como son la Dra. Elsy Gutiérrez de González, quien realizó el primer proyecto de Manual de Procedimientos para la Contraloría del estado, así como las primeras normas relativas al manejo de personal y un proyecto para la creación de las Direcciones de Control Previo y Posterior.

Así mismo, son importantes los intentos del Contralor Humberto Reyna, por dotar la Contraloría de su autonomía funcional y administrativa, pudiendo hacerse mención que fue durante su mandato que el organismo tomó el control sobre la administración de su presupuesto.

El 29 de Febrero del Año 2.000, comenzó a regir la Resolución Administrativa Nº 40 de fecha 25 de Febrero del Año 2.000 emitida por el Dr. Juan Pablo Soteldo Azparren, Contralor General del Estado Lara, la cual dio lugar a la Reestructuración que proporcionó origen a una nueva estructura organizativa y comenzar el proceso de modernización, Tecnificación y Profesionalización.

En el año 1.959, la Contraloría funcionaba en el Palacio de Gobierno, siendo trasladada en 1.975 al 5to. piso del Centro Profesional Canaima, ubicado en la Calle 25 entre carreras 17 y 18. A partir de 1.982 funcionó en una casa ubicada en la calle 22-A con carrera 17, en plena zona colonial de la ciudad, al lado del Museo de Historia Larense, siendo mudada en el año 1.985 a la Avenida los Abogados con calle 10. Desde el año 2.000 la Contraloría del estado Lara tiene su sede ubicada en la calle 1A, Urbanización el Parque, Barquisimeto, Estado Lara.